1988年10月から翌年の9月まで毎日放送系で放映された。
ガールフレンドの白鳥玲子(高野槇じゅん)を乗せて上空を飛んでいると突然三本の杭が光を発してヘリコプターが操縦不能になり、光太郎は玲子に脱出する様に言う。下は湖である。
拒む玲子を何とか脱出させて光太郎はそのまま飛び込む。
その後陸に上がると光太郎のヘリコプターは無事だった。
その信じられない事件を佐原夫妻に光太郎は食事時に言うのだが、信じて貰えない。やがて玲子が訪れあれだけ写真を撮ったのにネガは真っ白と言って来て光太郎はあの三本の杭が原因と直感で悟る。
その頃佐原家の息子の茂は友達二人で一緒に塾の帰りにコンビニで漫画を立ち読みしている途中にスカル魔が茂たちの自転車を泥棒して逃走する。
『チャリンコ泥棒‼︎』とスカル魔を追う茂、やがてスカル魔は自転車を乗り捨てて逃げる。茂たちが自転車に触ると物凄い電気が流れた。
茂からとんでもない事態を聞いた光太郎は玲子をバイクに乗せて現場に行く、スカル魔は更に暴走族を転倒させてバイクを奪うとまた三本の杭を発生させて暴走族を追ってきたパトカーを宙に浮かせる。
光太郎は咄嗟にパトカーの下に潜り何とかしようとする。
みんなが悲鳴を上げる中光太郎は平気で出てくる。そりゃそうだ、光太郎は改造人間仮面ライダーBLACKなのだから。
玲子に後を託してスカル魔を追う光太郎、スカル魔は光太郎に襲いかかる。このままではまずいと感じた光太郎は仮面ライダーBLACKに変身しようとするが動きを封じられ変身出来ずにそのまま上空の変な物体に吸い込まれる。
やがて光太郎は意識を取り戻したが、動きを封じられる。
現れたのはクライシス帝国の幹部たち。
ボスガン、マリバロン、ガテゾーン、ゲドリアン。
光太郎は抵抗するがマリバロン(高畑淳子)に『跪かないか‼︎』と言われ折檻され、やがてジャーク将軍が現れ光太郎にクライシス帝国への服従を要求する。
マリバロンは仮面ライダーBLACKの力を二倍にしてやると言う。
しかしそんな悪の要求など受けるつもりはさらさらない光太郎は拒否をし、やがて吊るされて拷問を受けても『俺たちが欲しいのは人間が自由に生きられる平和だ‼︎』と叫びこれ以上の説得は無理だと感じたジャーク将軍は光太郎の変身機能を破壊し宇宙に放り投げて永遠に彷徨う罰を与えクライシス要塞から光太郎の変身機能を破壊し宇宙空間に放逐した。
死を覚悟した光太郎、だが奇跡は起こった。
光太郎の体内に埋められたキングストーンが太陽の光を浴びて変身機能が復活し更なる進化を促し光太郎は新たなる変身体、仮面ライダーBLACKRXとして蘇った。
そこから仮面ライダーBLACKRX＝南光太郎とクライシス帝国との戦いが始まった
怪魔界から来たクライシス帝国の地球侵略を阻止するためにRXは戦い、その途中で光の車ライドロンを怪魔界のワールド博士から得たデータで制作したり、怪魔界で佐原家の娘ひとみが誘拐された時に怪魔界に怪魔ロボの機能を使い潜入し、更なる変身体ロボライダーやバイオライダーなる進化を遂げたり、共に戦う同士の霞のジョー(小山力也)を得たりと様々なる物語が展開される。
かっての親友でゴルゴムに共に改造された秋月信彦＝シャドームーンも復活するが秋月信彦の記憶はなくしておりただの復讐鬼として復活する。
BLACKRXはそれまでのライダーとは違いキックではなくベルトから抜く光の剣、リボルケインを決め技にしたりとか、ロボライダーではボルティックシューターという銃が決め技だったり、バイオライダーでは体を液状化したりすることが出来るなど、かなり今までのライダーとは違う些か卑怯とも取れる戦い方が賛否両論を呼んだ(この事を後に平成仮面ライダーシリーズ制作に携わる白倉伸一郎にかなり糾弾される。)が、一人で戦っていた事、クライシス帝国が凄まじく強大な敵であった事を思えばそんなに卑怯ではないし、仲間が現れる平成仮面ライダーシリーズの方がもっと卑怯である。
まあ、何れにせよ最強ライダーに入れても過言ではない。
